1951 novemberében Mezőtúron megalakították a Magyar Néphadsereg 93. Lövészezredét; parancsnoki posztját 1954-től Szabó Lajos alezredes töltötte be. Szabó Lajos parancsnokságának első évében alakult meg az ezred sportcsapata, Mezőtúri Honvéd néven. A csapat először csak labdarúgó szakosztállyal rendelkezett, a későbbi években azonban folyamatosan bővítették szakosztályai körét.

Szabó Lajos ezredparancsnok 1956. október 30-án a budapesti pártszékházban tartózkodott, majd annak ostromakor (többek között Asztalos János és Papp József ezredesekkel együtt) életét veszítette; a mezőtúri laktanya és a sportklub 1957-ben vette fel nevét, innentől Honvéd Szabó Lajos SE néven szerepelt.

Az ötvenes-hatvanas évek fordulóján a mezőtúri katonacsapat a Szolnok megyei bajnokság I. osztályában, majd az 1963-as félszezontól kezdve az NB III mezőnyében szerepelt – a bajnoki rendszer átszervezései miatt ugyanakkor mindvégig negyedosztályú maradt. 1972-73-ban az NB III Északkeleti csoportjának élén végzett, így osztályt léphetett, és a következő évtől már a harmadosztály (ennek neve 1973-74-ben NB II, a következő évtől NB III) tagja lehetett. Az újabb előrelépés az 1977-78-as szezont követően vált lehetségessé; ebben az évben ugyan csak az NB III Keleti csoportjának 6. helyén zárt a gárda, az újabb átszervezés eredményeként azonban a következő évtől jogot nyert a másodosztályban (NB II) történő indulásra.

A klub kifejezetten erősnek mondható kerettel rendelkezett, számos első- és másádosztályú tapasztalattal rendelkező bevonultatott játékossal. Itt szerepelt ebben az évben Fodor Sándor, Hódi András a Békéscsabai Előréből – ő egy sikertelen évet töltött 1977-78-ban a Csepelben is, Bánfi Ferenc a Szegedi Dózsából, Merley Tibor a SZEAC-ból, Cserháti István, az egykori Vasas-játékos Gyuláról, Széll János a SZEAC-ból, Bobcsek István és Vozár Pál a BTASK-ból. A csapatban találjuk a Tatabánya volt tartalékkapusát, Anger Istvánt, egy másik kapust, Balázs Zsoltot Salgótarjánból (később Zalaegerszegen futott be hosszú karriert), Tóth Gábort Balassagyarmatról, az egri Dudás Györgyöt, az ajkai Herédi Gábort, a Ferencváros nagy ígéretét, Kelemen Gusztávot, a Szolnoki MTE-ből Sándor Istvánt, illetve a Debrecen későbbi NB I-es védőjét, Takács Barnabást is. Ehhez képest mindenképpen csalódás volt az első NB II-es szezonban elért 13. hely – ugyanebben a csoportban a miskolci Papp József SE ekkor a negyedik helyet szerezte meg.

 Kelemen Gusztáv

 Balázs Zsolt

A Honvéd Szabó Lajos SE játékosai az 1978-79-es szezonban

A következő szezonra tovább erősítették a csapatot; a fő sorozási területeket Kelet- és Észak-Magyarország (Debrecen, Szeged, Ózd, Szolnok) jelentették. Bevonult Mezőtúrra Boros Lukács (Szolnok), Czikora Mihály és Herczeg András (Debreceni VSC), Hágelmann Tibor (Szeged), Homonnai László (DUSE), Pribék Sándor (Ózd), valamint Martinkovics József (Komló), Dabasi Károly (Pénzügyőr), Beigelbeck Attila (KOMÉP). Az erősítés sikeres volt, a Szabó Lajos SE a Keleti csoport középcsapatává vált, a nyolcadik helyen végzett.

 Boros Lukács

A Honvéd Szabó Lajos SE játékosai az 1979-80-as szezonban

1980-81-ben további ismert nevek jelentek meg a mezőtúri helyőrség csapatában, így Ulbert Tibor és Talapa Tibor (Hódmezővásárhely), Belényesi László (DUSE), Csorba József (Dunaújváros), Benyó Sándor (Bp. Spartacus), Silye Sándor (Vasas), Oláh Imre (Békéscsaba); Szajcz Miklóst a Kossuth KFSE-ből igazolták át. A csapat a 6. helyen zárt; hazai pályán kifejezetten jók voltak, csak a Gyöngyös és a Gyula távozott győztesként Mezőtúrról. A házi gólkirály Martinkovics József lett.

 Benyó Sándor

Talapa Tibor 

A Honvéd Szabó Lajos SE játékosai az 1980-81-es szezonban

Az 1981-82-es szezont annak ellenére bizakodva várhatták a mezőtúriak, hogy tudott volt: az évad végén csak az első 5 helyezett számára marad lehetőség az átszervezés alá kerülő NB II-ben való szereplésre. A csapathoz ismét számtalan volt NB I-es és NB II-es játékos érkezett, köztük Boda Imre és Cseke Sándor az MTK-ból, Holdosi János a Haladásból, Rostás Sándor és Kántor Miklós Szolnokról, Asszony Béla Kazincbarcikáról, Gömöri Ottó Egerből, a fiatal kapus, Józsa Miklós az Építőkből, Olasz Ernő a Metripondból, Demjén Antal és Kajtár István Szarvasról. A bravúr mégsem sikerült. A H. Szabó Lajos SE 33 ponttal, mindössze két ponttal lemaradva a még bentmaradást jelentő ötödik helyen végzett Salgótarjáni BTC-től ismét hatodik lett, így viszont a következő szezonra csak a Területi bajnokságba nyerhetett besorolást.

 Rostás Sándor

A Honvéd Szabó Lajos SE játékosai az 1981-82-es szezonban

A Területi bajnokság Körös csoportja nem jelentett nagy erőpróbát a mezőtúri csapatnak, a Békési SE és a Délép előtt viszonylag magabiztosan megnyerte a küzdelmeket; majd miután az NB II-be jutásért vívott osztályozót a Papp József SE ellen is sikerrel vívták meg, ismét a másodosztályba léphettek.

Az 1983-84-es keret ismét erős volt: ide került Csanálosi Miklós, Cseh András, Adorján Árpád, Dzurják József, a későbbi debreceni kapus, Horváth Béla, Kanyok Imre, Miskovicz Bálint és több, később az élvonalban is bizonyító játékos. A katonacsapatok fő problémája azonban – a játékosok viszonylagos tapasztalatlansága mellett – mindig is az összeszokottság hiánya volt. A kezdőcsapat folyton változott, nem alakult ki igazán stabil mag, így bár a mezőtúriaknak volt esélyük a bentmaradásra, végül nem sikerült elérni céljukat, és utolsó előtti helyezettként ismét búcsúra kényszerültek.

 Adorján Árpád

Dzurják József

A Honvéd Szabó Lajos SE játékosai az 1983-84-es szezonban

Az ingázás folytatódott. Az 1984-85-ös szezon „menetrendszerű” bajnoki címet hozott a Területi bajnokságban, így ismét az NB II következhetett. A 85-86-os keretben ott van Brockhauser István, Csató Sándor, Hídvégi Attila, Kántor László, Kosztolnik Tamás, Lehota István, Quirikó László, Oláh Ottó, Simon Antal, Takó Ferenc, Tyukodi György – hogy csak a majdani legismertebbeket említsük. Ebben az évben azonban még meglehetősen tapasztalatlanok voltak, így az évad végén a csapat a 17. helyen zárt, és ismét kiesett.

Lehota István

Quirikó László

A Honvéd Szabó Lajos SE játékosai az 1985-86-os szezonban

Ezután hosszabb Területi bajnokságbeli (illetve később régi-új nevén NB III-as) szereplés következett; a mezőtúri honvédcsapat a következő három szezonban végig harcban volt ugyan a feljutásért, de azt csak az 1988-89-es évad végén tudta elérni – ekkor már Mezőtúri Honvéd néven. A másodosztály ismét túl erősnek bizonyult, a csapat hamar elveszítette a bennmaradási esélyeit, végül a 16 csapatos mezőnyben 15. helyezettként búcsúzott.

 Dancs Attila

A Honvéd Szabó Lajos SE játékosai az 1988-89-es szezonban

A csapat fennállásának utolsó két évét az NB III-ban töltötte. A fő bázisául szolgáló lövészezredet Debrecenbe helyezték, a klub fő háttere megszűnt; az 1991-92-es szezon végén a Mezőtúri Honvéd feloszlatta szakosztályait.